按目前执行口径，北交所普通股和优先股的交易经手费为成交金额的0.125‰，买卖双方均收取，也就是双边计费。投资者常说的北交所交易服务费，在股票交易场景下通常指这项交易经手费，但它并不等于券商佣金，更不等于一笔交易的全部成本。以10万元成交金额计算，单边交易经手费为12.5元，买入再卖出、且成交金额均为10万元时，单项经手费合计约25元。该标准自2023年8月28日起执行，目前仍是北交所股票交易费用中的核心固定项目。
不同证券品种的收费口径并不完全一样。普通股、优先股按照成交金额的0.125‰双边收取；股份协议转让也执行同一费率，但单向单笔最高不超过10万元。协议转让没有成交金额，或者每股成交价格低于股票面值时，计费基础会转为转让股份总面值。可转换公司债券则按普通股经手费标准减半，即成交金额的0.0625‰双边收取。这个差异对大额协议转让和频繁进行可转债交易的账户更值得关注，不能简单套用普通股票的计算方式。
需要单独拎出来的是债券现券。北交所目前对债券交易费用采取阶段性减免安排，债券现券交易经手费暂免，范围不包含可转换公司债券，相关措施已延长至2026年12月31日。也就是说，投资者看到的北交所收费明细，不能只盯着股票费率表，还要看交易标的属于普通股、优先股、可转债，还是不含可转债的债券现券。品种不同，收费项目和优惠期限都可能不同。
实际下单时，账户扣除的总费用还会叠加券商佣金、证券过户费和卖出环节的印花税。券商佣金由投资者与证券公司约定，北交所不会替券商统一确定一个面向所有个人账户的最终佣金数值，部分营业部还会设置单笔最低收费；过户费通常按成交金额双边计收，印花税则只在卖出股票时产生。以10万元股票卖出为例，0.5‰印花税就是50元，往往比12.5元的单边交易经手费更明显，高频交易者真正需要控制的是综合摩擦成本，而不是只比较某一项费率。
对习惯研究加密资产手续费结构的投资者来说，北交所费用体系最大的不同，在于交易所规费、登记结算费用、税费和券商佣金分别承担不同功能，不能把万分之几直接视为全部支出。查看交割单时，可重点核对成交金额、交易经手费、佣金、过户费和印花税五项数据，再用买入成本与卖出回款反推实际费率。短线策略看似只捕捉几个价位波动，若换手频繁，固定规费与税费会持续侵蚀收益；中长线投资者则更应关注流动性、价差和成交难度，收费标准只是成本评估的一部分。
